En la década de los cincuenta, el creciente desarrollo económico en El Salvador exigió la creación de un conjunto de instalaciones portuarias, para facilitar la exportación de productos salvadoreños a los mercados internacionales, así como la importación de mercaderías en general.
En virtud de lo anterior, el 28 de mayo de 1952, se emitió el decreto legislativo No. 677, donde el Gobierno a través del Ministerio de Obras Públicas creó la Comisión Ejecutiva Portuaria Autónoma (CEPA), una institución autónoma de servicio público con la finalidad de ¨Planificar y ejecutar la construcción de un puerto en la costa de Acajutla¨.
Los proyectos en marcha alcanzaron su primera meta en 1961, con la inauguración del Muelle “A”. Su funcionamiento y administración fue todo un éxito y los intercambios comerciales y la competencia económica siguieron en aumento, obligando a diversificar los servicios.
En virtud de la creciente demanda del tráfico portuario y al propio desarrollo de la Comisión Ejecutiva del Puerto de Acajutla, en 1965 el Gobierno decidió ampliarle sus facultades, concediéndole la administración, explotación y dirección de los Ferrocarril de El Salvador (FES), incluido el Puerto de Cutuco; convirtiéndose de esta manera en la actual Comisión Ejecutiva Portuaria Autónoma (CEPA).
Ya para 1970, CEPA habilitó el Muelle “B” en el Puerto de Acajutla, completando el proyecto de ampliación en 1975, con la inauguración del Muelle “C”. Desde entonces, cuenta con ocho atracaderos distribuidos en tres modernos muelles, equipados para el arribo de todo tipo de buques.
Como un reconocimiento a su buena labor y como un nuevo reto, en el año de 1976 el Gobierno le confía a CEPA la construcción, administración y operación del Aeropuerto Internacional El Salvador, el cual inició operaciones en enero de 1980. La edificación estuvo a cargo de la empresa japonesa Hazama Gumi, quedando desde entonces su operación bajo la responsabilidad de la CEPA.
En el año 2004, por medio del Punto 5º Sesión 42 del Consejo de Ministros, de fecha 12 de mayo de ese mismo año, se entrega a la CEPA la administración y posesión de los inmuebles y áreas de terreno, que incluye instalaciones aeroportuarias y construcciones donde operó el Aeropuerto Internacional de Ilopango, a fin de que ésta disponga de los mismos y lleve a cabo la rehabilitación de dicho aeropuerto.
El 16 de enero de 2005 la CEPA inició la construcción del más grande y moderno puerto de la región, el Puerto de La Unión Centroamericana, cuya obra finalizó el 29 de diciembre de 2008.
